Her ne şekilde olursa olsun kirlenme, çevre ve içinde bulunan bitkiler üzerinde olumsuz etkilere neden olur. Kirliliğin, doğrudan atık yağın suyollarına deşarj edilmesinden otomobil egzozundan hava kirliliğine kadar birçok kaynağı vardır. Bazı etkiler kısa vadeli ve kolayca hafifletiliyor. Diğer etkiler uzun vadelidir, çevreye kalıcı kirletici maddeler veya bitki dokularında birikir. Fotosentez, ekosistem içerisinde önemli bir süreçtir. Güneş ışığı, karbondioksit ve su kullanarak, bitkiler bitki yapraklarında oluşan kimyasal bir işlemde yiyecek ve enerji üretirler.
Kirlilik, bir bitkinin fotosenteze girme yeteneğini azaltabilir.Ozon ve Yapraklar
Yaprak gözeneklerinden veya stomalarından gaz değişimi fotosentez için gerekli karbondioksiti sağlar. Bununla birlikte, Hücresel ve Moleküler Yaşam Bilimleri bölümünde yayınlanan bir 1980 çalışmasında, hava kirliliğinin stoma boyutunu azalttığı ve gaz değişimini engellediği bulunmuştur. Yetersiz karbondioksit fotosentezi yavaşlatabilir veya durdurabilir. Bu, hava kirliliğinin mahsul verimini azalttığını tespit eden 2004 tarihli bir çalışma ile de desteklenmektedir.
Nokta Dışı Kaynak Kirliliği
Noktasal olmayan kaynak kirliliği, çok çeşitli kaynaklardan gelen ve çevreye yüzeysel su akışı ile giren kirliliktir. ABD Çevre Koruma Ajansı (EPA) 'ya göre, tarımsal atık bu tür kirliliğin birincil kaynağıdır. Runoff, böcek ilaçlarını ve gübreleri su yollarına sokar. Bazen, etki anında gerçekleşir ve bitkiler hızla ölür. Gübrelerden gelen yüksek fosfor seviyeleri alg çiçeklenmelerine neden olabilir. Algal çiçeklenme, fotosentezin sudaki çözünmüş oksijen seviyelerinin azalması ve bulanık suların güneş ışığının su ortamlarına akışını engellemesi nedeniyle yavaşladığı ve son olarak durduğu bir senaryo oluşturur.
Toprak kirliliği
Toprak kirliliği kök düzeyinde fotosentezi etkiler. Fosil yakıt emisyonlarından kaynaklanan asitli yağmur, kimyasal maddelerin oluşmasına neden olan zehirli alüminyum iyonları yaratarak toprak asitlerini artırır. Bu iyonlar bitkinin besinleri alma yeteneğini engeller, böylece fotosentez sürecini ve bitkinin genel büyümesini yavaşlatır.
Sera etkisi
Sera etkisinin yarattığı yer seviyesindeki ozon, fotosentezin ortaya çıkması için elverişsiz koşullar yaratabilir. Karbondioksit gibi sera gazı konsantrasyonları, ortamdan radyan ısı yayılmasını önler. Yüzey sıcaklıkları yükselip buharlaşma oranını arttırır. Su sınırlayıcı bir faktör haline gelir. Değerli kaynakları korumak için, tesisler stomalarını kapatacak ve tesise karbondioksitin bulunmasını azaltacaktır. Sınırlı karbondioksit ve su ile fotosentez yavaşlar.
Fiziksel hasar
Kirlilik, bir bitkinin meydana geldiği yapraklara fiziksel olarak zarar vererek fotosentez yapma yeteneğine müdahale edebilir. Ozon, bitkilerin yapraklarının yetersiz klorofil seviyelerinden sararmaya başladığı kloroz adı verilen bir duruma neden olur. Klorofil fotosentezin gerçekleşmesi için hayati öneme sahiptir. Eğer seviye düşerse fotosentez de olur. Yüksek konsantrasyonlarda, kirlilik, bitkilerin çevresel streslerle başa çıkmak için gıda üretimini durdurmalarına neden olacak bitki yapılarını öldürebilir.